Michael est né le 8 Juillet 1968 à New York.
Depuis tout petit, Michaël Weatherly aime la comédie. C'est la raison qui l'a poussé à abandonne l'université pour commencer une carrière d'acteur.
Pour sa première fois sur le petit écran, il joue un rôle récurrent dans la séries "Jesse" en 1998. La même année, il passe dans épisode "Charmed" (épisode 18).

En 2000 il passe dans "Ally McBeal" (saison 4, épisode 1) et la même année, il obtient l'un des rôles principaux, Logan Cale dans la série "Dark Angel".

Plus tard Michael joue dans deux épidosdes de "JAG" (en 2003), puis dans la série NCIS : Enquêtes spéciales dans le rôle de Anthony DiNozzo (Tony).